No creo que este es el problema, si eliges un filtro de taxonomía y dejás los de los campos personalizados en blanco deben aparacer los resultados que corresponden al término de la taxonomía elegido.
¿Puedo tener acceso al sitio (ó—mejor—un sitio de desarrollo)?
Voy a marcar tu respuesta siguiente como privada. Es una buena idea crear un nuevo usuario administrador para mi que lo quitas después, y asegúrate que tienes una copia de seguridad corriente.
Cuando insertas filtros de campos personalizados, no se ofrece una opción para tener nada seleccionado (como es posible con filtros de taxonomía).
La solución tuyo ha sido añadir una opción "blanco" a los campos, como ves en los pantallazos, pero resulta que los filtros sin selección pasan un valor de todas maneras, y por eso fallan las búsquedas.
Debemos ofrecer la posibilidad de opciones "blancos" para campos personalizados.
Por el momento he añadido un poco de JavaScript particular a tus filtros para quitar los valores de las opciones blancos, y me parece que ahora funcionan.
Cuando insertas (ó editas) el filtro de un campo tipo select, si eliges "Seleccionar desplegable" en lugar de "Según lo definido en Types" tendrás una opción para la primera opción, ve pantallazo.