Solo puede activar un sitio a la vez con la cuenta tuya, entonces si ya has conectado un sitio a tu cuenta debes quitar este sitio de tu cuenta y entonces puedes conectar uno nuevo.
Es necesario registrar el sitio para recebir actualizaciones de los plugins, para los plugins ya instalado continuaran funcionar.
El problema es que mi cuenta está conectada con un dominio, activé la el plugin en un subdominio de ese mismo dominio, que ahora no funciona, no me deja acceder al backoffice de WordPress, entonces lo que quiero es borrar ese subdominio, crear otro e instalar el plugin ahí. ¿Si elimino la web dónde está instalado el plugin, puedo instalarlo de nuevo en otra? (Están las dos en el mismo dominio)
Si, puedes ir a https://toolset.com/account/sites/ y eliminar el sitio asociado con tu cuenta y luego puedes registrar otro sitio con su URL particular.
No entiendo por que el sitio ha dejado de funcionar al activar un plugin en el subdominio, no es limitación de la sistema de registración, hay que ser otra causa. Quizás hay detalles en los registros de depuración.